Es wurde errichtet nach einem Wettbewerb 1896 durch den Kölner Architekten Georg Eberlein. Der Außenbau entstand in Formen der Renaissance unter Verwendung spätgotischer Motive.
Nach Kriegsschäden brannte das Gebäude bis auf die Erdgeschoßdecke nieder. Nur die Treppenhäuser blieben erhalten. Der Wiederaufbau erfolgte 1948 in starker Vereinfachung. Der in Bonn ansässige Provinzialkonservator (heute Landeskonservator in Brauweiler) wurde wegen der Nähe des Gebäudes zur romanischen Kirche St. Maria Lyskirchen um eine Stellungnahme gebeten und schrieb: „Es ist sehr zu begrüßen, daß das wenig geglückte neugotische Gebäude vereinfacht wird.“
Nach Eintragung in die Denkmalliste 1984 forderte der Stadtkonservator mit einer inzwischen geänderten Einstellung zur Architektur des 19. Jahrhunderts die Zollbehörde auf, das Gebäude schrittweise zu rekonstruieren.
Der Museumsgründer Hans Imhoff (1922-2007) hatte als Vorstand der Schokoladenfirma Stollwerck während des Umzugs von der Kölner Südstadt nach Porz alte Maschinen und Gegenstände in Kisten verpacken und rettete diese Dinge damit vor der Verschrottung und Entsorgung. Die geretteten Objekte wurden von dem Kunsthistoriker und Museologen Vaclav Hepner gesichtet, geordnet und für das Museumskonzept eingeplant. Einbezogen wurden später weitere Stücke zur Kultur- und Industriegeschichte der Schokolade. In dem Museum wird dem Besucher die Produktion von Schokoladeartikel präsentiert. Auf 4000 m2 Ausstellungsfläche wird die Schokoladenherstellung bei den altamerikanischen Kulturen, wie Maya und den Azteken, über das Barockzeitalter und die Industrialisierung bis in die Gegenwart nachgezeichnet. In einem gläsernen Palmenhaus zwischen den Treppentürmen ist ein kleines Stück Regenwald mit Kakaopflanzen nachempfunden. Angeboten werden Führungen, Verkostungen und Schokoladenkurse.
2002 verkaufte Hans Imhoff Stollwerk an die Barry Callebaut AG. Nach deren Rückzug aus dem Museum 2006 und Verkauf an Lindt & Sprüngli heißt die gut besuchte Ausstellung mit einer gläsernen Schokoladenfabrik heute Schockoladenmuseum Lindt.